Cơ cấu tổ chức của Viện được quy định tại Quyết định Số 82/2007/QĐ-BNN, ngày 03 tháng 10 năm 2007 Quy định chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức của Viện Cơ điện nông nghiệp và Công nghệ sau thu hoạch của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT gồm:

         1. Lãnh đạo Viện:

a) Lãnh đạo Viện có Viện trưởng và không quá 03 Phó Viện trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm theo quy định;

b) Viện trưởng điều hành toàn bộ hoạt động của Viện, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Viện; quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Phòng, Bộ môn, Phân viện và Trung tâm thuộc Viện (riêng các tổ chức có tư cách pháp nhân, con dấu, tài khoản riêng phải có ý kiến thẩm định bằng văn bản của Bộ trước khi ban hành); chỉ đạo xây dựng, trình Bộ phê duyệt và tổ chức thực hiện Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Viện; bố trí công chức, viên chức phù hợp với nhiệm vụ được giao và đề án vị trí việc làm đã được phê duyệt;

c) Phó Viện trưởng giúp Viện trưởng theo dõi, chỉ đạo một số mặt công tác theo sự phân công của Viện trưởng và chịu trách nhiệm trước Viện trưởng, trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công.

2. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ:

a) Phòng Tổ chức, Hành chính;

b) Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế;

c) Phòng Tài chính, Kế toán;

d) Phòng Thí nghiệm Cơ điện Vilas 019.

3. Các Bộ môn nghiên cứu:

a) Bộ môn Nghiên cứu Điện, Tự động hóa;

b) Bộ môn Nghiên cứu Công nghệ bảo quản nông sản thực phẩm;

c) Bộ môn Nghiên cứu Công nghệ sinh học sau thu hoạch;

d) Bộ môn Nghiên cứu Cơ giới hóa chăn nuôi;

đ) Bộ môn Nghiên cứu Phụ phẩm nông nghiệp.  

4. Phân viện Cơ điện nông nghiệp và Công nghệ sau thu hoạch, trụ sở đặt tại thành phố Hồ Chí Minh.

5. Các trung tâm:

a) Trung tâm Giám định máy và Thiết bị, trụ sở đặt tại thành phố Hà Nội;

b) Trung tâm Chuyển giao công nghệ và Tư vấn đầu tư, trụ sở đặt tại thành phố Hà Nội;

c) Trung tâm Phát triển Cơ điện nông nghiệp, trụ sở đặt tại thành phố Hà Nội;

d) Trung tâm Nghiên cứu và Kiểm tra chất lượng nông sản thực phẩm, trụ sở đặt tại thành phố Hà Nội;

đ) Trung tâm Nghiên cứu và Chuyển giao công nghệ Cơ điện nông nghiệp miền Trung, trụ sở đặt tại thành phố Huế, tỉnh Thừa Thiên Huế;

e) Trung tâm Nghiên cứu Máy nông nghiệp và Thủy khí, trụ sở đặt tại thành phố Hà Nội;

g) Trung tâm Nghiên cứu Chế biến nông sản thực phẩm, trụ sở đặt tại thành phố Hà Nội;

h) Trung tâm Nghiên cứu và Chuyển giao công nghệ Sản xuất thức ăn thủy sản, trụ sở đặt tại thành phố Hà Nội;

i) Trung tâm Đào tạo Bồi dưỡng, trụ sở đặt tại thành phố Hà Nội.

Các tổ chức được quy định tại Khoản 4 Điều 3; các Điểm a, b, c, d, đ, e, g Khoản 5 Điều 3 có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng để hoạt động theo quy định của pháp luật;